| 1 | National Museum of Japanese History | 国立歴史民俗博物館 |
| 2 | NIER | 国立教育政策研究所 |
| 3 | ISM | 統計数理研究所 |
| 4 | NIJL | 国文学研究資料館 |
| 5 | NIPR | 国立極地研究所 |
| 6 | NII | 国立情報学研究所 |
| 7 | NAOJ | 国立天文台 |
| 8 | National Institutes for the Humanities, The National Institute for Japanese Language | 大学共同利用機関法人人間文化研究機構国立国語研究所 |
| 9 | NIG | 国立遺伝学研究所 |
| 10 | NIFS | 核融合科学研究所 |
| 11 | IMS | 分子科学研究所 |
| 12 | NIBB | 基礎生物学研究所 |
| 13 | NIPS | 生理学研究所 |
| 14 | International Research Center for Japanese Studies | 国際日本文化研究センター |
| 15 | Research Institute for Humanity and Nature | 総合地球環境学研究所 |
| 16 | National Museum of Ethnology | 国立民族学博物館 |
(As of September 2020)