| 1 | National Museum of Japanese History | 国立歴史民俗博物館 |
| 2 | National Institute of Japanese Literature | 国文学研究資料館 |
| 3 | National Institute for Japanese Language and Linguistics | 国立国語研究所 |
| 4 | International Research Center for Japanese Studies | 国際日本文化研究センター |
| 5 | Research Institute for Humanity and Nature | 総合地球環境学研究所 |
| 6 | National Museum of Ethnology | 国立民族学博物館 |
| 7 | National Astronomical Observatory of Japan | 国立天文台 |
| 8 | National Institute for Fusion Science | 核融合科学研究所 |
| 9 | National Institute for Basic Biology | 基礎生物学研究所 |
| 10 | National Institute for Physiological Sciences | 生理学研究所 |
| 11 | Institute for Molecular Science | 分子科学研究所 |
| 12 | Institute of Particle and Nuclear Studies | 素粒子原子核研究所 |
| 13 | Institute of Materials Structure Science | 物質構造科学研究所 |
| 14 | National Institute of Polar Research | 国立極地研究所 |
| 15 | National Institute of Informatics | 国立情報学研究所 |
| 16 | The Institute of Statistical Mathematics | 統計数理研究所 |
| 17 | National Institute of Genetics | 国立遺伝学研究所 |
